Parafia Trzciana przynależy administracyjnie do diecezji Tarnowskiej, wchodząc w skład dekanatu Lipnica Murowana. Położona jest na obszarze Pogórza Wiśnickiego, będącego częścią pogórza Karpackiego. Tereny parafii to malownicze wzgórza i doliny rozciągające się wzdłuż Potoku Saneckiego oraz jego dopływów.
Parafia swymi początkami sięga roku 1262, w którym to Bolesław V Wstydliwy, książę krakowski i sandomierski nadał w dziedziczne posiadanie tereny nad rzeką Stradomką komesowi Dzierżykrajowi z Niegowici oraz jego bratu Wyszowi, kanonikowi katedralnemu krakowskiemu. Przyjmuje się, że w tym samym roku Dzierżykraj i Wysz ufundowali na wschodnim krańcu wsi Libichowa kościół i klasztor Kanoników Regularnych od Pokuty (zwanych potocznie na ziemiach polskich markami lub rogaczami), uposażając go prawem dziedzicznym dobrami wsi Libichowa. Zakonnicy wznieśli zabudowania klasztorne oraz drewniany kościół parafialny dedykowany św. Małgorzacie Antiocheńskiej, Dziewicy i Męczennicy. Od tego momentu sprawowali oni pieczę nad duszpasterstwem w Trzcianie i okolicznych wsiach aż do roku 1829, kiedy to zmarł ostatni kanonik pełniący funkcję proboszcza parafii już diecezjalnej, ks. Manswet Bluszczykiewicz. Sam klasztor uległ kasacji w roku 1816 na mocy dekretu cesarskiego wystawionego 26 kwietnia tegoż roku.
Najstarsza, pewna wzmianka źródłowa na temat klasztoru Kanoników Regularnych od Pokuty w Libichowej pochodzi z wystawionej w 1295 roku bulli papieża Bonifacego VIII. Pierwsza z kolei wzmianka na temat parafii znajduje się w rachunkach świętopietrza z roku 1326.
W ciągu wieków parafia Libichowa (później Trzciana) zmieniała swój zasięg terytorialny, obejmując opieką duszpasterską okoliczne wsie. Protokoły wizytacji biskupiej przeprowadzonej na polecenie kard. Jerzego Radziwiłła w 1596 roku wymieniają jako należące do parafii Trzciana wsie: Trzciana, Glinnik, Libichowa, Żyznówka, Wieruszyce, Zbydniów, Ujazd, Rdzawa, Kierlikówka, Kamionna, Bełdno, Łąkta oraz Leszczyna.
Na skutek długoletniego sporu pomiędzy klasztorem a proboszczami z Żegociny podważającymi prawo do działania parafii w Trzcianie, decyzją Komisji Apostolskiej z roku 1638 przyłączono do parafii w Żegocinie wsie: Łąkta Dolna, Ujazd, Zbydniów, Bełdno oraz Kierlikówka. Kolejne zmiany terytorialne nastąpiły na początku XX w. kiedy to w 1908 roku przyłączono na powrót do parafii Trzciana wieś Ujazd. W roku 1923 powróciła większa część Łąkty Dolnej, a w roku 1928 Kierlikówka. W 1934 roku erygowano parafię w Kamionnej, w 1980 w Leszczynie, a w 2002 w Kierlikówce. Obecnie w skład parafii Trzciana wchodzą wsie: Trzciana, Ujazd oraz większa część Łąkty Dolnej.
Pierwsza informacja na temat kościoła parafialnego w Trzcianie pochodzi ze spisanego w latach 1470 – 1480 Liber beneficiorum dioecesis Cracoviensis Jana Długosza. Wymienia ona kościół drewniany, ale nie podaje innych istotnych informacji na temat jego kształtu czy wyposażenia. Kolejny budynek wzniesiono w końcu XV wieku z łamanego piaskowca. Był on orientowany, dwuczłonowy, z węższym prezbiterium i szerszą nawą na rzucie prostokąta, nakryty drewnianym stropem, z przybudowaną od strony północnej kaplicą (obecnie nieistniejącą). Budowla ta stanowi trzon obecnej bryły kościoła parafialnego. W roku 1533 wzniesiono murowaną zakrystię.
W Wielki Poniedziałek – 25 marca 1657 kościół oraz zabudowania klasztorne zostały splądrowane i spalone przez Kozaków maszerujących na Kraków wraz z wojskami księcia siedmiogrodzkiego Jerzego II Rakoczego. Odbudowa trwała kilka lat. Jedno ze źródeł podaje już na rok 1657 datę ponownej konsekracji kościoła, choć protokoły wizytacji kanoniczej z roku 1664 wspominają o tym iż kościół poszyty był jeszcze strzechą. 27 listopada 1666 roku sufragan krakowski Mikołaj Oborski konsekrował w kościele cztery ołtarze, w tym główny pod wezwaniem Podwyższenia Krzyża Św. Wydarzenie to zostało upamiętnione inskrypcją na portalu drzwi wiodących do zakrystii i w późniejszych dokumentach podawane było jako dzień konsekracji kościoła. W wyżej opisanym kształcie budynek kościoła przetrwał do początków XX w. kiedy to postanowiono go rozbudować, zarzucając wcześniejsze plany gruntownej renowacji.
W latach 1905 – 1907 zburzono kaplicę od strony północnej, a od południa dobudowano nakryte sklepieniami dwie połączone kaplice oraz kruchtę. Zmianie uległ także kształt łuku tęczowego oraz wykrój okien. Ponadto dobudowano kruchtę od strony północnej oraz babiniec przed frontem kościoła. Projekt przebudowy opracował architekt Jan Sas Zubrzycki, jednak z powodu finansowego niedostatku zrealizowano go tylko częściowo. Kolejną próbę rozbudowy kościoła podjęto w 1954 roku staraniem proboszcza ks. Mikołaja Piechury. Trwające dwa lata prace prowadzono według projektów Stefana Świszczowskiego. Do nawy od strony zachodniej, w miejscu zburzonego babińca dobudowano przęsło na planie kwadratu. Rozbudowa będąca modyfikacją planów Zubrzyckiego zakładała także wzniesienie wieży, ale na skutek działania władz komunistycznych prace zatrzymano. Po usilnych staraniach udało się uzyskać zgodę tylko na dokończenie rozpoczętych robót i przykrycie dobudowanej części nie dachem a żelbetową kopułą. Kościół w takim stanie trwał do 1995 roku, kiedy to staraniem ówczesnego proboszcza ks. Władysława Jemioły rozpoczęto prace trwające do roku 2002. Wzniesiono wtedy od zachodu dwie wieże oraz osłonięto kopułę dachem.
Najstarszym zachowanym elementem ruchomego wyposażenia kościoła parafialnego w Trzcianie jest późnogotycka chrzcielnica wykonana z odmiany piaskowca istebniańskiego. Powstała w roku 1497 reprezentuje typ tzw. kielichowy. Zbudowana na planie ośmioboku składa się z podstawy w kształcie ściętego ostrosłupa, sznurowego nodusa oraz wysokiej czaszy, której brzeg dekorowany jest maswerkiem z powtarzającym się motywem lilii heraldycznych. Charakterystyczną cechą tego obiektu jest duży zespół tarcz herbowych:
na czaszy Prus, Orzeł Polski i Starykoń; na nodusie Janina, Warnia i Syrokomla; na podstawie Zaręba, Poraj oraz jeden trudny do identyfikacji, złożony z herbów Poraj i prawdopodobnie Osęk.
Kolejnym dziełem kamieniarskim zachowanym w kościele parafialnym w Trzcianie jest wykonany z piaskowca portal drzwi wiodących z prezbiterium do zakrystii. Powstały prawdopodobnie około roku 1533 stoi na pograniczu lokalnej sztuki gotyckiej i renesansowej. Swoim kształtem kontynuuje tradycję późnogotyckich, krakowskich obramień okiennych i drzwiowych, jednak brak dekoracji ornamentalnej skutkuje wybiciem się na pierwszy plan struktury architektonicznej, co charakterystyczne jest dla dzieł sztuki odrodzenia. Umieszczone w portalu okute żelazną blachą drzwi pochodzą z 2. poł. XVII wieku. Inskrypcja na nadprożu informująca o konsekracji kościoła została dodana po 1666 roku.
Pośród wyposażenia wnętrza zwraca na siebie uwagę barokowy ołtarz główny z rzeźbioną sceną Ukrzyżowania, powstały w latach 1657 – 1666, uzupełniony pochodzącymi z 2. poł. XVIII wieku rzeźbami przedstawiającymi śś. Benedykta i Augustyna oraz obrazem św. Małgorzaty. Dwa barokowe ołtarze boczne ustawione przy tęczy powstały w okresie pomiędzy 1748, a 1773 rokiem.
